衝突安全性を高めるために次の装備を採用しています。
1.衝突エネルギーを吸収するボディ構造と高剛性キャビン構造（RISE）を採用しました。
2.万一の事故の際、歩行者頭部への衝撃を軽減するボンネット形状・衝撃吸収構造に加え、フロントバンパー内部に歩行者脚部の衝撃を軽減する構造（歩行者保護傷害軽減ボディ）を備えています。
3.フォースリミッター機構付のシートベルトを全席に装備。さらに、運転席・助手席にダブルプリテンショナー機構を採用しています。
なお、eKクロス・eKワゴンは、令和元年度自動車アセスメント（JNCAP）※において、予防安全性能評価「ASV＋＋＋」を獲得しています。
※JNCAP（Japan New Car Assessment Program）：国土交通省と独立行政法人自動車事故対策機構（NASVA）による、自動車の安全性能試験・評価の略称。